Objetivo del procedimiento y beneficios que se esperan alcanzar

Diagnosticar las enfermedades del segmento digestivo explorado y tratarlas, si es posible, durante la misma exploración. Así, si se encuentran pólipos durante la endoscopia se pueden extirpar (polipectomía) mediante un lazo que los corta por su base. Si hay estrecheces se pueden dilatar e incluso dejar colocada una prótesis. Si se encuentra una lesión sangrante se puede aplicar un tratamiento para que cese el sangrado. Permite llegar al diagnóstico de certeza la mayoría de los casos, bien por la visualización directa de lesiones o bien gracias al estudio microscópico de pequeñas muestras de tejido (biopsias) tomadas de forma indolora durante la exploración. Con ello se podrá conocer la naturaleza benigna o maligna de las lesiones halladas.
Es posible en el mismo acto extirpar pólipos y evitar con ello una operación. La recuperación de éstos tras la exploración permite su estudio microscópico.
Ante las sospecha o evidencia de sangrado puede identificarse las lesiones que han producido la hemorragia y permitir la actuación sobre las mismas, evitando intervenciones y transfusiones. Si hay estrecheces que no se beneficiarían de la intervención se pueden ensanchar con diversos métodos, utilizando bujías o balones neumáticos, colocación de prótesis, etc.